Günümüzde kök hücre yaygın olarak, periferik kan, kemik iliği ve kordon kanından alınarak kullanılır. Kişinin kendisinden alınan kök hücrenin yine kendisinde yer alan hasarlı bölgeye nakledilmesine otolog nakil; diğer donörlerden alınan kök hücrenin, hastaya nakledilmesine ise allojenik nakil denir. Bazı durumlarda da haploidentik nakil olarak tanımlanan, kök hücrenin kişinin kendisinden alınamadığı ve uygun donör bulunamadığı zamanlarda yarı uyumlu donörden alınan kök hücre ile uygulanan tedavi yöntemi bulunur.

Uygun kök hücrenin bulunmasının ardından, hastanın damar yolundan ya da hasarlı bölgenin direkt olarak üzerine enjekte edilir. Tedavinin başarı oranı, hastalığın türü, dönemi ve yaşanan komplikasyonlara göre değişiklik gösterir. Ayrıca bazı durumlarda kök hücre tutunması gerçekleşmeyebilir. Bu durumda kök hücre naklinin tekrarlanması gerekir.