Kök hücre tedavisinde karşılaşılan en büyük zorluk tıpkı organ naklinde yaşanan durumlar gibi vücudun kök hücreyi kabul etmemesi oluyor. Erişkin dokudaki az sayıda kök hücrenin çok iyi bir şekilde saptanması ve vücudun yeni kök hücreleri kabul etmesi gerekiyor. Hücreler hastanın kendi doku ve organlarıyla bir bütün haline gelmeli ve vücutla ahenk halinde çalışmayı öğrenebilmelidir. Aksi takdirde tedavi başarısızlıkla sonuçlanır.